Приоритетной задачей нацпроекта «Экология» является решение первостепенных проблем загрязнения окружающей среды. В рамках нацпроекта проводится комплексная работа по улучшению экологической ситуации в регионе.
На промышленных предприятиях устанавливаются системы газоочистки и фильтрации, на смену устаревшим автобусам приходит современный экологичный транспорт. Ведутся работы по очистке рек и озёр, в том числе городского пруда на реке Ай в Златоусте и реки Миасс в центре Челябинска. Проводятся ликвидация и рекультивация свалок. К 2030 году на вторичную переработку будут отправляться все твёрдые коммунальные отходы. На сегодняшний день на Южном Урале работают семь объектов переработки мощностью 665 тысяч тонн отходов в год.
В рамках федерального проекта по сохранению биологического разнообразия и развитию экологического туризма был создан третий в регионе национальный парк, на территории которого находятся под защитой уникальные краснокнижные животные и растения.